Orang-orang Halmahera mengenal dan menerima Injil Yesus Kristus, pada abad 16 yang dibawa oleh bangsa Portugis (Roma Katolik). Menurut catatan sejarah, perisiwa pembaptisan orang Halmahera pertama terjadinya di Mamuya, pada tahun 1534. Perkembangan gereja Roma Katolik semakin baik lagi ketika hadirnya Xaverius, seorang utusan injil Yesuit yang bekerja di Halmahera bagian Utara. Akan tetapi ketika kedatangan Vereenigde Oostindische Compagnie (VOC) di Indonesia tahun 1619 - 1799, praktis Gereja Katolik dilarang untuk melakukan kegiatan misi dan hanya bertahan di beberapa wilayah yang tidak termasuk dalam lingkup pengaruh VOC yaitu Flores dan Timor.
Kemudian badan misi Utrech Zendings Verenigeeng (UZV) dari Belanda, mengirim utusan mereka seperti Hendrijk van Dijken yang berkerja di Halmahera sejak tahun 1866. Kehadiran van Dijken dan De Bode pada 19 April 1866 di Galela, dipakai sebagai tonggak baru orang Halmahera (GMIH:Protestan) mengenal dan menerima Injil Yesus Kristus. Jelaslah bahwa zending melayani warga Halmahera melalui aspek-aspek kehidupan manusiawi. Dari sanalah orang mulai menjadi Kristen. Namun orang Kristen pertama baru dibaptis pada 17 Juli 1874 atau lebih dari 2½ tahun orang menjadi Kristen. Yang dibaptiskan ialah 5 orang laki-laki dan 2 orang perempuan.
Sementara di Tobelo banyak orang yang dibaptis oleh Hueting dalam baptisan massal. Hueting tiba di Tobelo awal tahun 1897 atau 23 tahun setelah Van Dijken ditahbiskan menjadi penginjil di Ternate. Hal ini lantas menjadi sebuah perbedaan pola pelayanan antara Van Dijken dengan Hueting yang selalu dicakapkan oleh peneliti sejarah GMIH. Bagi sebagian peneliti GMIH Van Dijken melakukan pola pelayanan dididik dahulu baru dibaptis, sementara Hueting dibaptis dahulu baru kemudian dididik.
Ketika pasukan Jepang mengalahkan Hindia Belanda pada tahun 1942, membawa dampak bagi perkembangan kekristenan di Halmahera. Para penginjil UZV asal Belanda yang melayani jemaat-jemaat di Halmahera juga ikut ditangkap. Bahkan pemerintah Jepang mengeluarkan keputusan untuk menutup (memalang) semua pintu-pintu gereja yang dilayani oleh badan injil UZV. Sedangkan salah satu jemaat GPM di Ternate tidak ditutup. Menurut keterangan Ds Krickhoff yang melayani GPM Ternate, oleh karena GPM sudah menjadi gereja yang mandiri ((1935), sehingga tidak dilarang, sedangkan jemaat-jemaat UZV belum merupakan suatu gereja yang berdiri sendiri.